Stichting ATOS kent een Raad van Toezicht en College van bestuur.
De stichting ATOS werkt met het Raad van Toezichtmodel naar aanleiding van de wet “Goed onderwijs, Goed bestuur”. De Raad van Toezicht werkt volgens de code Goed Bestuur De taken van de Raad van Toezicht staan beschreven in de statuten van de stichting.
Het Bovenschools Overleg bestaat uit de directeuren van de basisscholen en de bestuurder. Zij geven vorm aan de ontwikkeling van het beleid binnen de stichting en de scholen.
College van bestuur: Mevr. H. Toenders
Leden Raad van Toezicht:
Mevr. C. Sahin, voorzitter
Mevr. H. Rookmaker
Dhr. G. Vonk
Mevr. P. Versteegh
Dhr. M. Beekhuizen